การตรวจสอบพื้นที่เชิงลึกในการประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมขั้นที่ 2 นี้ มุ่งเน้นไปที่จุดที่มีความเสี่ยงด้านสิ่งแวดล้อมซึ่งถูกกำหนดขึ้นจากการประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมขั้นที่ 1 หรือการประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมเบื้องต้น ขอบเขตของการปฏิบัติงานประกอบด้วยการขุดหลุมสำรวจพื้นที่ที่คาดว่ามีความเสี่ยงลงไปที่ระดับความลึกประมาณ 5 เมตรจากผิวดิน และการเก็บตัวอย่างดินเพื่อส่งห้องปฏิบัติการเพื่อดำเนินการวิเคราะห์หาสิ่งปนเปื้อนต่อไป

ท่อสังเกตการณ์น้ำใต้ดินในบ่อดังกล่าวถูกติดตั้งในหลุมที่มีการเก็บตัวอย่างดินไปแล้ว โดยให้มีการพัฒนาและสูบน้ำแรกออกก่อนตามหลักการปฏิบัติสากล เพื่อให้ตัวอย่างน้ำใต้ดินที่เก็บนั้นเป็นตัวแทนที่เหมาะสมที่สุดของน้ำใต้ดินบริเวณนั้น  ก่อนการเก็บตัวอย่างทางภาคสนามได้มีการตรวจวัดพารามิเตอร์ เช่น pH conductivity และ dissolved oxygen เพื่อให้ได้ข้อมูลที่แม่นยำก่อนเก็บตัวอย่างน้ำใต้ดินเพื่อส่งวิเคราะห์ต่อไป ตัวอย่างดินและน้ำใต้ดินที่เก็บมาถูกส่งไปทดสอบทางด้านสิ่งแวดล้อมตามพารามิเตอร์ที่เกี่ยวข้อง ไม่ว่าจะเป็นการวิเคราะห์หาสารเคมีอินทรีย์และสารเคมีอนินทรีย์อันประกอบด้วยโลหะหนัก สารระเหย และสารกึ่งระเหยอย่างถูกต้องตามหลักการวิเคราะห์สากล ณ ห้องปฏิบัติการที่ได้รับการรับรองมาตรฐานสากลจากสถาบันชั้นนำ นอกจากนี้ยังมีการสำรวจทางภูมิศาสตร์ของระดับน้ำใต้ดินของบ่อสังเกตการณ์แต่ละบ่อเทียบกับระดับน้ำทะเล เพื่อนำข้อมูลไปหา hydraulic gradient และประมวลทิศทางการไหลของน้ำใต้ดินต่อไป

ผลการตวจสอบดินและน้ำใต้ดินของตัวอย่างถูกนำไปเปรียบเทียบกับค่ามาตรฐานที่แจ้งโดยกรมควบคุมมลพิษเพื่อประเมินกิจกรรมที่เกิดขึ้นในโรงงานทั้งในอดีตและปัจจุบันต่อการปนเปื้อนของดินจากนั้นจึงจัดทำรายงานประเมินคุณภาพสิ่งแวดล้อมเชิงลึกซึ่งเป็นการประเมินความเสี่ยงทางด้านสิ่งแวดล้อมเชิงคุณภาพที่ส่งผลต่อ มนุษย์และตัวรับความเสี่ยงทางธรรมชาติควบคู่กับการประเมินระดับของความเสี่ยงทางด้านสิ่งแวดล้อมโดยรวมของพื้นที่ศึกษา ทั้งนี้ เรายังแนะนำการจัดการทางด้านสิ่งแวดล้อมที่เป็นไปได้เพื่อควบคุมความเสี่ยงทางสิ่งแวดล้อมที่เกิดขึ้นอีกด้วย